A Comissão de Bolsas da FTBAW é um orgão assessor do Conselho Diretor (CD). Ela é composta por representantes docentes, coordenadores e administrativos e por representantes discentes, indicados pela Diretório Acadêmico (Dakkarj). A comissão é presidida pela coordenadora de Extensão, Profª. Alice Sarmento.

Atualmente as bolsas oferecidas pela FTBAW são através de percerias mantidas com a Missão IDE (Manaus/AM) com 17 bolsas, e com o Junta de Missões Nacionais da CBB, uma bolsa. Os bolsista são selecionados no início de cada ano e, semestralmente tem sua situação de bolsista reavalidade para possível renovação.

São competências da Comissão de Bolsas:

1. Analisar e selecionar as solicitações de bolsas no início de cada ano letivo;
2. Avaliar o desempenho e a execução de projeotos vinculados às bolsas para a renovação das mesmas;
3. Acompanhar os relatórios periódicos dos bolsistas;
4. Propor ao CD reformulações e melhorias no processo de seleção e manutenção das bolsas.